2001年学院开设了应用化学专业（制药），历经15年建设发展，到2016年，为了适应区域经济的发展需求，学院在应用化学专业（制药）的基础上申报了制药工程专业并获得了批准，2020年本专业第一届本科生毕业。本专业任课教师26人，省级专家1人，兼职硕导4人，双师双能型教师10人（占比38.5%）。高级职称教师7人，副高级职称5人，具有硕士、博士学位教师23人。

学院建有“天然产物与小分子催化”四川省高校重点实验室，“乐山特色农产品药用成分研发工程中心”校级科研平台，以及“抗癌活性成分筛选及多肽化修饰研究中心”校企实验室；有省级实验教学示范中心1个，省级虚拟仿真实验教学中心1个，拥有液质联用仪、气质联用仪、X射线-单晶衍射仪、核磁共振仪等各类大型教学科研仪器设备50余台，实验设备总价值3500余万元，为制药工程专业的实践教学提供了坚实基础。学院秉持“专业化、职业化、个性化、复合型”的人才培养理念，强基础、重实践，以学生科研和学科竞赛为牵引，个性化培养，潜心育才，成效显著。近年来，“创新创业训练计划”立项国家级58项，省级35项。学生发表科研论文31篇，授权专利4项。各类学科竞赛，累计获得省级及以上奖励共100项。根据统计，自2020年以来，制药工程专业学生近三年就业率均在90%以上，平均考研录取率在22%以上。